Modification du déroulement de la mission

À la suite de l'incident d'octobre 2016 la NASA étudie longuement les options envisageables pour la suite de la mission. Les ingénieurs décident en février 2017 de renoncer à faire passer la période de l'orbite de 53,5 à 14 jours comme prévu car compte tenu des incidents précédents, la mise à feu du moteur-fusée pourrait placer Juno sur une orbite ne permettant pas d'effectuer les observations scientifiques prévues et éventuellement pourrait mettre en péril la vie de la sonde spatiale en prolongeant les éclipses solaires au delà de la capacité de ses batteries. La NASA étudie un scénario dégradé consistant à faire fonctionner la propulsion principale sans maintenir sous pression le circuit du carburant mais y renonce car le moteur Leros 1b n'a pas été conçu pour fonctionner dans ce mode et ce mode opératoire constitue un risque. Selon les responsables de la mission, Juno en se maintenant sur l'orbite de 53 jours peut tout de même remplir les objectifs assignés à la mission. Par ailleurs cette orbite permet d'effectuer des mesures répétées dans une région s'étendant jusqu'à huit millions de kilomètres : la sonde spatiale peut étudier des parties de la magnétosphère de Jupiter qu'elle n'aurait pu observer si le scénario initial avait été mis en œuvre. Toutefois la nouvelle orbite présente des inconvénients. Pour pouvoir réaliser les 36 survols prévus, la mission doit être prolongée de trois ans et il n'est pas certain que la sonde spatiale fonctionne jusque là. Cette extension de la mission a un coût non budgété de 35 à 40 millions de dollars par an. La NASA choisit néanmoins cette solution .

En attendant cette mission, Juno continuera à scruter l'environnement jovien. La sonde devait, en tout, effectuer 36 révolutions complètes autour de Jupiter, mais un problème moteur a contraint les ingénieurs à la laisser sur une orbite elliptique qui ne permettra sans doute pas de réaliser cet objectif. Cela n'oblitère toutefois pas les objectifs scientifiques de Juno qui se rapprochera toujours aussi près de Jupiter mais moins souvent que prévu. Les observations et les enregistrements de la JunoCam conservent donc leur intérêt. Et ce contretemps pourrait même favoriser de nouvelles études : en restant sur son orbite elliptique, la sonde va pouvoir observer les confins de la magnétosphère jovienne. Il est toujours prévu qu'elle achève sa mission vers le mois de février 2018, en se précipitant vers la surface où elle se désintègrera.