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Un des principaux objectifs de la mission est de cartographier ce champ magnétique et de décrypter le fonctionnement de sa sphère d'influence, appelée magnétosphère. Après le Soleil, Jupiter possède le champ magnétique le plus puissant du système solaire. C'est sans doute un effet dynamo, à savoir le mouvement interne de très grandes quantités de fluides conducteurs d'électricité, qui en est la source. Sur Terre, le fer contenu dans le noyau joue ce rôle. Sur Jupiter, ce pourrait être de l'hydrogène gazeux très comprimé ou de l'hydrogène liquide appelé hydrogène métallique.
